**份水稻叶片*********测序及基础分析服务

*.服务对象为采购方提供的水稻样本，共**份。完成样本接收、质量检测、细胞核制备、染色质可及性酶标记、高分子量***提取、文库构建、单分子长读长测序及基础分析。提供适用于水稻的取样、保存和运输要求，并在批量实验前完成制样适配与质量确认。 *.采用能够同时保留单分子***序列、外源*** ***可及性标记及内源***甲基化信息的高准确度长读长测序技术。供应商应说明技术路线、读长及准确度指标、修饰识别方法和植物样本适用性。 *.每样本有效核基因组平均覆盖深度不低于**×。有效覆盖以经质量过滤、比对至约定水稻核参考基因组的数据计算，不计入叶绿体、线粒体及未比对数据；提供计算方法、参考版本、读长分布、比对情况及覆盖分布，不得仅以总下机数据量替代有效核基因组覆盖。 *.完成外源*** ***标记识别、开放区域识别、核小体及其他保护片段模式推断、***甲基化分析和基因组区域注释。提供逐样本质量报告及重复一致性评价，说明所用模型、软件版本、过滤阈值和水稻适用性。 *.交付未经比对及经比对的必要***文件、修饰位置与概率信息、开放区域及保护片段坐标、***甲基化结果、浏览器轨迹、分析报告和可复现参数。修饰标签须保留；如需离线调用修饰，应同时交付所需动力学信息，不得仅提供*****或汇总图片。 *.单分子结果应保留样本及分子标识，支持后续计算开放分子比例及同一分子上多个调控元件的开放组合。低覆盖或无法可靠定位的区域应明确标注，不得直接记为关闭状态。

**份水稻叶片*******测序及基础分析服务

*.服务对象为水稻叶片样本，共**份。完成***提取、质量检测、文库构建、高通量测序及基础分析。批量建库前反馈样本质量结果，未经采购方确认不得使用不合格样本继续建库。 *.采用适用于植物基因表达分析的链特异性***测序文库及高通量双端测序，读长不低于*****；每样本过滤后的有效数据量不低于* **，提供原始及有效数据量、碱基质量、接头过滤、比对率、****比例、基因检出及表达分布等质量指标。 *.完成参考基因组比对、基因表达定量、样本相关性及主成分分析、差异表达分析和功能富集分析。保留生物学重复及同期对照关系，按照采购方确认的样本分组开展分析。 *.交付原始及过滤后的*****文件、比对文件、基因计数矩阵、标准化表达矩阵、差异表达及富集结果、完整质量报告、分析报告和软件参数。

*********与*******联合分析服务

建立**份*********与对应*******样本的配对关系，分别估计各处理相对于同期对照的变化，比较不同处理的响应效应；结合**份*******分析两个取样窗口的表达变化。 分析差异染色质可及性、开放分子比例、可靠覆盖区域内的同分子开放组合及其与基因表达的关联，开展候选调控区域注释、基序富集及适用的**相关分析。 比较不同处理的响应一致性和差异，形成候选调控区域及关联基因清单。统计分析应考虑生物学重复、实验批次和多重检验，不得将测序分子数作为独立生物学重复。 交付完整分析报告、结果表、可编辑图件、软件版本及可复现脚本或工作流程。不得用两个***时间点推断未经测量的*********时间动态。 预算合计：****** 壹拾玖万肆仟肆佰元整