*基于**********时空组学技术,完成*个组织样品的时空组学测序,完成切片制备,优化及文库构建,采用*******芯片建库,国产自主平台测序,产生 * * *** *****,并完成相应的信息分析。
* 测序技术流程要求
(*) ***完整性检测
使用冷冻切片机将***包埋的组织切取少量组织提取***并检测***完整性。
(*)组织切片形态检测
使用冷冻切片机对***包埋的组织切片,贴于玻片后进行甲醇固定,之后进行**染色,并用显微镜扫描成像,检测组织形态。
(*) 组织透化
*)使用冷冻切片机对***包埋的组织切片,贴于透化芯片后进行甲醇固定,按照设置的透化时间梯度加入组织透化试剂,适温反应一定时间,将组织透化释放****。逆转录合成有荧光标记的****产物;
*)去除玻片表面残留组织,通过荧光显微镜扫描成像,根据荧光强度确认组织最佳透化时间;
*)使用冷冻切片机对***包埋的组织切片,贴于玻片后进行甲醇固定及**染色,并用显微镜扫描成像,检测组织形态。
*) 文库制备及测序: **** 合成后构建测序文库,用国产超高通量的测序仪完成测序。
*) 数据分析:针对下机数据进行质控,并完成全套分析,最终得到目标样本组织细胞在空间位置上表达的基因信息。
*、测序要求,国产自主平台测序,数据量不低于 * * *** *****/样本,测序质量要求***** **** ***≥**%,***≥**%
*、信息分析内容
(*)还原 ***** 空间位置: 利用空间特异性条形码***序列作为媒介,将测序 ***** 映射回它们在组织中的原始空间位置;
(*)获取表达矩阵: 还原回组织中空间位置的 *****,得到每个基因在空间中的分布和表达,生成空间基因表达矩阵;
(*)图像识别、分割和配准:图像的识别和分割映射到空间表达矩阵后,便可以获取组织区域内或以细胞为单位的空间表达矩阵。
*、高级分析条款:
*)*********: 用于可视化 *** 结果;
*)圈选多包埋样品或者感兴趣的区域进行分析;
*)多样品整合 (*******);
*)降维聚类 (******);
*)细胞类型注释 (*************): 建议可使用单细胞数据进行辅助注释。
*) 空间特征统计 (*******);
*)基因模块划分 (*******)*只针对单样品;
*) ****** 基因鉴定 (******);
*)细胞通讯 (******** **);
**)拟时间分析 (******* *);
**)差异分析: *****、******** 秩和检验;
**) ** / **** 功能富集。
*、服务工具要求
投标人需自备以下服务工具及平台:
*)时空转录组相关测序设备至少*台(**小时产出≥***数据量的测序仪),投入的测序仪需为相同品牌型号;
*)时空转录组需达到纳米级分辨率与厘米级全景视场的原位捕获;